Naissaarella kasvaa pääosin mäntymetsää. Entisten rantamuodostelmien taakse on syntynyt myös matalia soita. Rantaniityt olivat ennen karjalaitumia. Saaren kasvisto on hyvin monipuolinen – sieltä on löydetty yli 400 putkilokasvilajia. Männiköiden välissä on omalaatuinen lehtimetsälaikku, nk. Tanskan kuninkaan puutarha, johon liittyy monia tarinoita. Sammaleet ja jäkälät ovat löytäneet entisen merilinnoituksen lukuisilta betonirakenteilta uuden kasvupaikan. Naissaaren länsiranta on kivinen ja meri on muokannut sen jyrkäksi. Itäisellä rannalla löytyy puolestaan uimiseen sopivia suojaisia pikku hiekkarantoja. Dyynisaaren keskiosa nousee merenpinnasta 28 metrin korkeuteen. Matkailijoita varten on rakennettu opastuskeskus ja kolme vaellusreittiä.